儀器分析室中，有的儀器是需要通風換氣的。比如原子吸收光譜儀，裝有原子吸收罩等局部通風設備。其風速應連續可調，各風罩洞口風速應基本一致。最大風速下，可實現換氣次數不低于6次/小。有的儀器還采用排風扇作為局部通風設施。排風扇安裝，應設在外墻靠地面處，風扇的中心距地面不應小于300mm。
化學藥品絕大多數有毒，有些藥品劇毒，有些具有強腐蝕性，有些是易燃易爆藥品。因此，必須注意分類存放，應設立藥品等專用貯藏室。上述這些藥品不得隨意帶入儀器分析室。比如電感耦合等離子體發射光譜儀。
在做有機物進樣分析時，其所用有機試劑大多數都是易燃物，因此在實驗時，要按照操作規程認真操作室內應有防火設施。儀器分析室要配有相應的消防器材，以保證發生火災事故時取用撲救。儀器分析室的著火大都是電氣著火。因此應配備氣體滅火器，對滅火器至少每季度檢查一次，檢查內容包括：滅火器壓力值是否處于正常壓力范圍。保險銷
和鉛封是否完好、擺放是否穩固。滅火器箱不得上鎖，避免日光曝曬和強輻射熱，并保證滅火器在有效期內。若發現滅火器存在問題，必須委托有維修資質的維修單位進行維修。
